卷上伤风伤寒中暑中湿风寒俱中内外伤寒一切汗候传染表证里证表里证汗后不解下后不解在上涌之在下泄之合病两感病头疼身疼腹胀满痛往来寒热潮热自汗自利并误下小便不利呕吐吐泻喘嗽渴烦躁懊虚烦不得眠留饮痞结胸血证谵
卷首集例先天图说天地人物气候相应说天地人物气候相应图释方历代医学姓氏三代以前，圣君贤相，创为医药，以济死生者也。秦汉以后，有通经博史，修身慎行，闻人巨儒，兼通乎医。医极其明者也。以医为业，世代相承者也
产宝诸方
马王堆帛书五十二病方
金匮要略金匮要略方论序卷上 藏府经络先后病脉证第一卷上 痉湿喝病脉证第二卷上 百合狐惑阴阳毒病证治第三卷上 疟病脉证并治第四卷上 中风历节病脉证并治第五卷上 血痹虚劳病脉证并治第六卷上 肺痿肺痈咳嗽上
卷上春温时疠湿温暑燥病寒病冬温疟疾卷下女科幼科痘科痧疹外科
通俗序壶天性果女丹十则（一卷）第一则·养真化气第二则·九转炼形第三则·运用火符第四则·默运胎息第五则·广立功行第六则·志坚行持第七则·调养元神第八则·移神出壳第九则·待度飞升第十则·了道成真女金丹序上
秘藏膏丹丸散方剂
《本草衍义》提要序卷一序例上衍义总叙卷二序例中卷三序例下内容卷四玉泉丹砂空青绿青云母石钟乳朴硝芒硝硝石英硝矾石滑石紫石英白石英赤石脂白石脂石中黄子婆娑石无名异菩萨石卷五金屑银屑水银水银粉雄黄雌黄石硫黄
卷一十二经循行部位歌头前正面歌头后项颈歌胸腹脊背图手膊臂外内歌足膝外内歌肺经歌大肠经歌胃经歌脾经歌心经歌小肠经歌膀胱经歌肾经歌心包络经歌三焦经歌胆经歌肝经歌任脉歌督脉歌脉诀十二经气血多少歌痈疽总论歌痈