正文以上发明病根，是本段之前半截。下乃备引经义，以证其实而足其理。以上论理升降出入，是病机也。推病根，为第二段。以上推论化气，发明标本，是补足前半篇义理，为第三段。以下论五味补泻治法，退出通篇，为第四
卷上太阳方总论卷下阳明方总论少阳方总论太阴方总论少阴方总论厥阴方总论六经方余论
简介自序凡例卷之一卷之二卷之三卷之四卷之五卷之六卷之七卷之八卷之九卷之十卷之十一卷之十二卷之十三卷之十四
简介序卷第一卷第二卷第三卷第四卷第五卷第六卷第七卷第八
简介细目序言上卷中卷下卷
简介序凡例卷一卷二卷三卷四卷五卷六
叙凡例女科指掌赋妇人三十六病带下白浊白淫经候总论经水愆期经病疼痛经病发热崩漏经闭梦与鬼交积聚瘕肠覃石瘕脏躁悲伤咽中如炙脬转阴中诸病带下方调经方经病疼痛方经病发热方崩漏方经闭方积聚瘕方胎前用药大法胎前有
秘传刘伯温家藏接骨金疮禁方
卷上勿药须知疗心法言林鉴堂安心诗养心说养肝说养脾说养肺说养肾说斋说食忌说食饮以宜居室安处论居处宜忌说寝室宜忌说卧时祝法睡诀孙真人卫生歌真西山卫生歌养神气铭孙真人养生铭谨疾箴导引却病法内养下手诀运气法固
经络统序原始脏腑联系分合详说脏腑联系分合详说手太阴肺经（左右共二十二穴）手阳明大肠经（左右共四十穴）足阳明胃经（左右共九十穴）足太阴脾经（左右共四十二穴）手少阴心经（左右共十八穴）手太阳小肠经（左右共