一、中风门二、风痹门三、心腹痛门四、霍乱门五、呕吐门六、气门七、痰饮门八、痨瘵门九、胁痛门十、腰痛门十一、香港脚门十二、积聚门十三、脾胃门十四、补益门（一）导引行气法（二）虾蟆行气法（三）入火法（四）
内外伤寒辩惑论
劝读十则
第1部分第2部分
序卷一治喉秘法治喉要诀临症二十法焦氏喉症图形针药秘传单方治喉痹单方卷二应用良方焦氏喉科煎药方诸穴灸刺各法附方
卷一医经(一)卷二医经（二）卷三医经（三）卷四医经（四）卷五医经（五）卷六医经(六)卷七医经（七）卷八医经（八）卷九本草（一）卷十本草（二）卷十一本草（三）卷十二本草（四）卷十三本草（五）卷十四本草（
眼科奇书
序一序二卷一运气（上）太极图论阴阳体象五行生成数解五行统论每日气数百刻六千分解四季日躔宿度昼夜长短刻数二十四气七十二候斗纲解十二辰次六合解二十八宿过宫歌二十八宿说中星岁差考奎壁角轸天地之门户说气数统论
卷一中风肝风眩晕头风虚劳卷二咳嗽吐血失音肺痿卷三遗精淋浊阳痿汗脱脾胃木乘土肿胀卷四积聚痞噎膈反胃噫嗳呕吐吐蛔不食肠痹便闭肺痹胸痹哮喘呃疸卷五风寒风温温热暑湿燥疫痧疹瘰痰痰饮卷六郁肝火不寐卷六三消脾瘅疟
序卷之一温邪门暑邪门伏暑门疟疾门痢疾门黄胆门卷之二中风门肝风痰火门虚劳门吐血门臌胀水肿门卷之三积聚门（附虫积）脘腹痛门噎膈反胃门三消门痰饮门痰喘门卷之四咳嗽门疝气门遗精淋浊门痉厥门杂病门妇人门产后门幼