卷上伤风伤寒中暑中湿风寒俱中内外伤寒一切汗候传染表证里证表里证汗后不解下后不解在上涌之在下泄之合病两感病头疼身疼腹胀满痛往来寒热潮热自汗自利并误下小便不利呕吐吐泻喘嗽渴烦躁懊虚烦不得眠留饮痞结胸血证谵
自序卷一一明望色之法望色论（附律一条）一明闻声之法闻声论（附律二条）一明辨息之法辨息论（附律一条）一明胸中大气之法大气论（附律一条）一明问病之法问病论（附律一条）一明切脉之法切脉论（附律一条）一明合色
自序序一序二序三序四序五凡例卷一·医学溯源养生稽古阴阳水火生克运气运气总论十二化五运歌十二支年六气歌流年起六气歌客气交日歌逐年主气歌逐年客气歌脏腑（附：腔子、脂膜）脏象应天地脏腑贵贱脏腑命名释义脏腑相
伤寒杂病论桂林古本
松崖医径
十四经发挥
第1部分第2部分第3部分第4部分第5部分
卷一明目赋（一）眼科论孙真人谕眼论阴阳相应辨论上古天真论眼科通明论轩辕黄帝说眼病目科四季五行发挥妙诀明目赋（二）太玄真人论眼病五轮所属太玄真人问眼病因论八廓所属八卦也论五轮受病之因论八廓受实热病之因论
伤寒心要论附方【寒】第一双解散【寒】第二小柴胡凉膈天水合服【寒】第四大柴胡合黄连解毒汤【寒】第五大柴胡合三一承气汤【寒】第七瓜蒂散【风】第十一白虎汤【暑】第十四五苓散合天水散【结胸】第二十大小陷胸汤丸
叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一